L’Agence fonctionne sur la base du Programme National de Recherche en Santé (PNRS) dont elle est le pilote. Il constitue la base du cahier des charges des Appels à Projets de Recherche qui sont lancés par l’ATRSS. Il a été très largement diffusé par voie de presse et d’affichage dans les structures de Recherche à travers le territoire national, pour servir de base aux Appels à Projets de Recherche. Le PNRS initié en 1996 a été approuvé par le Conseil Scientifique de l’ANDRS le 4 Mai 1997 et par la Commission Intersectorielle de Recherche en Santé le 19 Mai 1997. Il comprenait 5 grands domaines de recherche :